Fondat în 2001, clubul a reușit să se impună pe scena fotbalului românesc, obținând promovarea în prima ligă în 2013. Deși nu are trofee importante în palmares, FC Botoșani s-a afirmat ca o echipă competitivă, participând constant în competițiile interne și având o bază de suporteri loiali. Clubul reprezintă cu mândrie orașul Botoșani și contribuie la dezvoltarea fotbalului în regiune.